学校恶意扣毕业证是否违法取决于具体情况，如果学校存在违法行为，可以向相关部门投诉或寻求法律援助。
近年来，随着教育体制的不断深化改革，越来越多的学校开始注重学生的综合素质培养，而毕业证作为学生学业成果的重要证明，其重要性愈发凸显，在处理毕业证问题时，确实存在一些违法行为,引发了社会各界的广泛关注和争议。
我们需要明确的是，学校恶意扣毕业证的行为是否违法，取决于具体的法律法规和学校的管理规定，在我国，毕业证是学生在学校学习成果的重要证明,其发放和管理应当遵循相关法律法规和学校的管理规定。
根据我国教育法律法规和相关政策，学校在发放毕业证时应当遵循公平、公正、公开的原则，这意味着学校在处理毕业证问题时，应当确保学生的合法权益得到保障，如果学校存在恶意扣毕业证的行为,那么这种行为就可能违反了相关法律法规和学校的管理规定。
学校恶意扣毕业证的行为可能涉及到侵犯学生合法权益、损害学生利益等方面的问题，这可能包括但不限于：学校可能因为各种原因擅自扣留学生的毕业证，或者以各种方式限制学生获取毕业证的权利等，这些行为都可能被视为违法行为，不仅违反了法律法规的规定,也损害了学生的权益和学校的形象。
为了维护学生的合法权益，保障学校的正常管理秩序，我国教育部门也出台了一系列相关政策，这些政策旨在加强对毕业证的管理和发放，确保毕业证发放的公正、公平、公开，学校应当建立健全的毕业证管理制度，加强对毕业证发放过程的监督和管理，学校还应当注重学生的全面发展，根据学生的实际情况和需求制定合理的培养计划和发展目标，学校还应当加强与学生的沟通和交流，及时了解学生的需求和意见,积极解决学生在学业和生活方面的问题。
为了解决这些问题,学校可以采取以下措施：
- 加强内部管理：学校应建立健全的毕业证管理制度，明确各项规定和流程，加强对工作人员的教育和培训,提高其法律意识和职业道德水平。
- 完善监督机制：学校应当建立健全的监督机制，加强对毕业证发放过程的监督和管理，这包括定期进行审计和检查,确保各项规定得到落实。
- 加强沟通与交流：学校应当加强与学生的沟通和交流，及时了解学生的需求和意见，积极解决学生在学业和生活方面的问题,确保学生的合法权益得到保障。
学校在处理毕业证问题时必须严格遵守法律法规和学校的管理规定,才能保障学生的合法权益和学校的正常管理秩序。
