学校扣学生毕业证是否违法需视具体情况而定，若涉及违法行为应依法处理。
随着社会与教育制度的不断改革，越来越多的学校开始注重学生的综合素质和全面发展，关于学校扣留学生毕业证的行为是否合法,存在广泛的争议和讨论。
明确的是，学校扣留学生毕业证的行为是否合法，取决于具体的法律法规和学校的管理规定，在我国，教育法律法规明确规定了学校应当尊重学生的合法权益,保障学生的受教育权。
在实际操作中，学校扣留学生毕业证的行为确实存在风险和问题，如果学校没有明确的法律依据和规章制度支持，就可能引发学生的不满和抗议，如果学校在处理毕业证问题时存在不公正、不透明、不公平等问题,也可能会引发学生的质疑和不满。
为了保障学生的合法权益，学校在处理毕业证问题时应当遵循公平、公正、公开的原则，学校应当遵守相关法律法规和学校的管理规定，学校应当加强与学生的沟通和交流，了解学生的需求和意见，学校应当积极解决学生在毕业证问题上存在的问题，努力做到公平、公正、公开的处理方式。
为了实现这一目标,学校可以采取以下措施：
- 建立完善的规章制度：学校应当制定明确的规章制度,明确处理学生毕业证问题的流程和标准。
- 加强与学生的沟通：学校应当定期与学生进行交流，了解他们的需求和意见,及时解决他们在毕业证问题上存在的问题。
- 加强与家长的沟通：学校应当与家长保持密切联系，及时反馈处理结果,让家长了解学生在学校的表现和进步。
- 建立良好的师生关系：学校应当注重培养学生的综合素质和全面发展，通过多样化的教学活动和实践活动,帮助学生全面发展自己的能力。
学校在处理学生毕业证问题时应当遵循法律法规和学校的管理规定，保障学生的合法权益，加强与学生和家长的沟通和交流，建立良好的师生关系,促进学生的全面发展。
